Pro zkoumání „malých bídných potvůrek“ ve vodě, vlasech, krvi či spermatu mikroskop poprvé použil nizozemský obchodník Antony van Leeuwenhoek, který zemřel 27. srpna 1723 v devadesáti letech. Přístroje, jež vynalezli jeho krajané na sklonku 16. století, do té doby sloužily pro kratochvíli a později pomáhaly obchodníkům s textilem při kontrole kvality sukna. Až Leeuwenhoek s nimi jako první člověk na světě uviděl malá „zvířátka“ (mikroby) a položil tak základy mikrobiologie.
Podle některých ale Leeuwenhoek mikroskop sám znovuobjevil. Nejprve si všiml, že struktura tkaniva vypadá pod kusem střepu jinak než při pohledu pouhým okem. Od té doby přes sklíčka pozoroval vše, co mu přišlo pod ruku. Úlomky skla postupně vybrušoval v čočky a skládal za sebe, čímž dosáhl údajně až 500násobného zvětšení (dochovaly se jeho mikroskopy, které zvětšovaly zhruba 300 krát).
O svých pozorováních, při nichž objevil například červené krvinky a krevní kapiláry, začal povzbuzen svým přítelem lékařem psát do Královské společnosti v Londýně. Až po několika letech, když se její členové sami přijeli k němu do Delftu podívat, mu uvěřili a jmenovali ho členem této prestižní britské instituce. Leeuwenhoek se stal natolik slavným, že se na jeho „zázračná sklíčka“ přijeli k němu domů podívat i ruský car Petr I. Veliký a anglická královna Anna. „Otec“ mikrobiologie totiž odmítal opustit rodné Holandsko.
