Počátek roku 1939 byl ve znamení zvýšeného nátlaku ze strany Německa a Maďarska. Již tak napjatá situace se začátkem března ještě vyhrotila. V Bratislavě vyhlásil 14. března slovenský parlament samostatnost, maďarská vojska překročila hranice Podkarpatské Rusi a Maďarsko zaslalo vládě ultimátum požadující okamžité odstoupení tohoto území. Na hranicích Čech a Moravy bylo soustředěno na 200.000 německých vojáků a zpravodajské služby již s předstihem varovaly před hrozící okupací.
V této situaci se prezident Hácha pokusil jednat s říšským vůdcem Adolfem Hitlerem a zachránit část samostatnosti pro české země. Do Berlína odjel spolu s ministrem zahraničí Františkem Chvalkovským. Hácha opouštěl Prahu s představou, že bude s Hitlerem mluvit především o situaci na Slovensku. Slovenský emancipační proces totiž říšský vůdce využil jako důkaz toho, že československý stát se rozpadá a chaosu ve střední Evropě je třeba zabránit vojenským obsazením Čech a Moravy.
Do Berlína Hácha dorazil okolo desáté hodiny večerní, hlavní jednání začalo až po půlnoci 15. března. Po úvodním prohlášení Háchy, který se snažil nastolit téma Slovenska, si slovo vzal Hitler a Háchovi stručně oznámil, že ráno v šest hodin překročí německé vojsko české hranice a případný odpor bude "brutálně všemi prostředky potlačen". Pokud však Hácha pomůže uklidnit situaci, udělil by Hitler Čechům "jistou dávku národní svobody". Hácha sice namítal, že nemá prostředky, jak v tak krátké době ovlivnit odpor obyvatelstva, ale dostal k dispozici telefon, aby alespoň informoval vládu a zajistil kapitulaci armády.
Poté mu bylo předloženo memorandum, kterým chtěl Hitler dokázat, že vstup vojsk není agresí, ale výsledkem dohody. Hácha s podpisem váhal, přestože byl pod silným tlakem a dokonce dostal i srdeční záchvat. Nakonec však ustoupil a podepsal dokument, v němž "v zájmu uklidnění vkládá s plnou důvěrou osudy českého národa a české země do rukou vůdce Německé říše."
Okupace začala podle plánu v šest hodin a během dne vojska nacistického Německa obsadila české země. Zároveň byla vyhlášena samostatná a nezávislá Podkarpatská Rus.
Když se Hácha večer před osmou vrátil z Berlína, již jej na peróně "vítal" německý generál Eccard von Gablenz a další důstojníci wermachtu. Teprve během schůze vlády na Pražském hradě se prezident dověděl, že v Praze je už i Adolf Hitler.
Podle některých svědectví si Hácha příliš nechtěl připustit vážnost situace - ministru Jiřímu Havelkovi údajně řekl: "Nic si z toho, pane kolego, nedělejte, není to tak zlé. Budeme mít vlastní stát, ovšem bez armády a bez zahraničního ministra." Chvalkovský později přiznal, že ani při podpisu okupačního memoranda s Háchou neočekávali vyhlášení Protektorátu Čechy a Morava a předpokládali jen dočasnou okupaci.
Protektorát však byl Hitlerem vyhlášen již 16. března. Jeho formální hlavou zůstal státní prezident Emil Hácha, on i vláda Rudolfa Berana však byli pouze loutkami v rukou úřadujícího říšského protektora. Tím se stal bývalý německý ministr zahraničí Konstantin von Neurath. Na území protektorátu, který existoval až do konce druhé světové války v květnu 1945, žilo přes sedm milionů obyvatel.